Après une formation d’architecte, Gwenaël Morin pratique le théâtre amateur à l’université. De 1996 à 1998, il est assistant de Michel Raskine. Il travaille également régulièrement avec l’artiste suisse Thomas Hirschhorn jusqu’en 2008. Alors qu’il est en résidence aux Laboratoires d’Aubervilliers en 2009, il fonde sa compagnie Théâtre Permanent basée sur trois principes : jouer, répéter et transmettre en continu, tous les jours, pendant un an. Il met en scène des pièces emblématiques du répertoire dont le titre est le nom du personnage principal : Lorenzaccio d’après Lorenzaccio d’Alfred de Musset, Tartuffe d’après Tartuffe de Molière, Bérénice d’après Bérénice de Racine, Hamlet d’après Hamlet de Shakespeare, Antigone d’après Antigone de Sophocle, Woyzeck d’après Woyzeck de Büchner. De 2010 à 2011, le répertoire du Théâtre Permanent tourne dans toute la France et à l’étranger.

De 2013 à 2018, il dirige le Théâtre du Point du Jour à Lyon où il poursuit l’expérience du Théâtre Permanent en y impliquant d’autres artistes : Yves-Noël Genod, Philippe Vincent, le collectif X, Nathalie Béasse, Philippe Quesne. Il y crée notamment Les Molières de Vitez, Les Tragédies de Juillet, Re-Paradise, Macbeth / Othello, Georges Dandin, Hernani, plusieurs versions d’Andromaque.

A l’invitation de Tiago Rodrigues, il crée en juillet 2023 au Festival d’Avignon Le Songe, variation du Songe d’une nuit d’été de Shakespeare et prépare pour juillet 2024 une libre adaptation de Quichotte de Cervantes. Deux prochaines créations s’inscriront sur les éditions 2025 et 2026 du festival.

Il intervient également régulièrement à la Manufacture à Lausanne et à l’ENSATT de Lyon. Gwenaël Morin est artiste associé à Bonlieu, scène nationale d’Annecy et au TnBA, CDN de Bordeaux.